De Versys 1000 S is uitgerust met de Comfort Seat, die voorzien is van dikkere vulling om lange uren in het zadel comfortabel te maken, terwijl de langere rijders een ontspannen kniepositie wordt geboden. De Versys S kan ook worden uitgerust met het optioneel verkrijgbare lage zadel (-20 mm), waardoor het makkelijker wordt om voeten aan de grond te zetten.