Om de funfactor van de Versys 1000 zo groot mogelijk te maken, kozen de ontwerpers voor een zo opwindend mogelijke motor. De krachtbron moest echter meer bieden dan indrukwekkende prestaties alleen. De keuze viel op een 1.043 cc -viercilinderlijnmotor met een flexibel karakter. De voortreffelijke gasrespons, het krachtige koppel bij elk toerental (met name in het lage en middelhoge gebied) en het fraaie inlaatgeluid maken het opendraaien van het gas tot een verslavend genot, zowel akoestisch als qua gevoel.

Vloeistofgekoelde DOHC 16-kleps 1.043 cc-viercilinderlijnmotor met een boring x slag van 77,0 x 56,0 mm die zich kenmerkt door een krachtig koppel bij lage en middelhoge toerentallen en een soepele vermogensafgifte. Ten opzichte van de Z1000 levert de motor meer vermogen in het lage- en middentoerengebied ten koste van een iets lager topvermogen. Zowel het maximum vermogen als maximum koppel worden bij een lager toerental geleverd dan bij de Z1000.
Om de prestaties te optimaliseren is het gaskleppenhuis verticaal geplaatst, zodat de lucht een zo kort mogelijke afstand naar de motor aflegt. Maar terwijl vaak wordt gekozen voor zo kort mogelijk inlaatkanalen om maximale prestaties bij hoge toerentallen te bereiken, zijn de kanalen van de Versys 1000 juist wat langer uitgevoerd met het oog op een ideale vermogenskarakteristiek voor straatgebruik.
De vermogensafgifte is nagenoeg lineair en de gekozen afstelling van het brandstofinjectiesysteem voorziet in een vlotte en soepele respons. Deze kenmerken maken de Versys 1000 enerzijds makkelijk hanteerbaar, met name bij manoeuvreren met lage toerentallen of stapvoets rijden en dragen anderzijds bij aan een sportiever rijgedrag. Dankzij het flexibele motorkarakter is de Versys 1000 even geschikt voor cruisen bij lage toerentallen als voor een actievere rijstijl in het middelhoge toerengebied.